1．综合治理
(1)整体思想和系统概念 自然界是由多种多样生物和非生物组成的。这些生物和周围非生物的环境所构成的能量转化和物质循环系统称为生态系统。植物是生态系统中的主要组成部分，它利用非生物因素通过光合作用制造营养，使自身生长繁衍。病虫害等生物又以植物为食料，天敌又以这些有害生物为食料，这种一环扣一环的食物关系就是"食物链索"。病虫害防治应从生态系统中各种因素间的相互依存相互制约的整体观念出发，通过各种技术措施正确地、强烈地干预系统的发展，创造有利于寄主植物和天敌生物而不利于病虫害的条件，控制病虫害的发生。
(2)预防为主，综合治理 20世纪70年代我国吸收了60年代国际提出的有害生物综合治理的先进思想，即IPM，建立了我国植物保护工作的预防为主、综合治理的科学概念。此后将综合治理提高到系统治理的高度。概括地讲，综合治理就是从生物与环境的整体观点出发，本着预防为主的指导思想和安全、有效、经济、简易的原则，因地制宜，合理运用农业的、化学的、生物的、物理的方法及其有效的生态手段，把有害生物的为害控制在经济阈值以下，以达到经济效益、生态效益和社会效益的目的。
2．减少污染和绿色中药材 因为应用化学农药防治中草药病虫害有高效、速效的特点，往往被药农用作防治中草药病虫害的主要手段。但是过多地或不合理地使用化学农药会造成许多弊端。首先是农药残留，污染作物和环境，危害人、畜健康。其次是病虫害很快产生抗药性，使其不易控制。第三是大量杀伤天敌，破坏了生态平衡，造成病虫害的再猖獗。化学农药的这些弊端逐渐引起世人的关注。特别是农业可持续发展战略的实施及从有害生物综合治理的原则考虑，在中草药病虫害防治中应尽可能运用各种综合的防治手段，不用或少用化学农药，以减少污染。
中药材是人民用于治疗疾病或保健的特殊商品，其中一部分已正式列为食品之列。因此中药材的安全无污染则显得更为重要。
在近十年来，我国开发了无污染、安全、优质、营养的食品，并定名为"绿色食品"，受到国内外市场的青睐。源于"绿色食品"的思路，1993年由中国医学科学院肖培根院士和樊瑛教授率先在《中国中医药报》上撰文提出"建议参考我国绿色食品的要求，在条件成熟时，开发我国21世纪的优质中药材--绿色中药材"。此后，在我国中药行业已逐步对绿色中药材的研究和开发予以接受和推崇。绿色中药材的生产和基地建立已成为中药现代化的重要内容之一。为此，我们在中草药病虫害防治工作中一定要防止和减少污染，使中药材的生产符合绿色中药材的要求。
(二)中草药病虫害的防治方法
1．农业防治 农业防治是通过调整栽培技术措施减少或防治病虫害的方法。这些措施大多数是预防性的，体现了预防为主的精神。农业措施一般不增加额外开支，安全有效，简单易行，容易被群众所接受。
(1)合理轮作和间作 一种中草药在同一块地上连作，就会使其病虫源在土中积累加重。进行合理轮作和间作对防治病虫害和充分利用土壤肥力都是十分重要的。特别对那些病虫在土中寄居或休眠的中草药，实行轮作更为重要。如土传发生病害多的人参、西洋参绝不能连作，老参地不能再种参，否则病害严重。如人参与水稻轮作数年，浙贝母与水稻隔年轮作，分别可大大减轻根腐病和灰霉病的为害。大黄与川芎或黄芪轮作可减轻大黄拟守瓜(Callerucida sp．)的为害。合理选择轮作物对象很重要，同科、属植物或同为某些严重病虫害寄主的植物不能选为轮作物，这些原则对选择间作物也适用。但间作物同栽种在一块地里，互相影响更大。如植物根系分泌物对相邻作物病虫害的影响；某些作物根系作用，改善土壤通气性，不利于根腐病发生等。
(2)耕作 很多病原菌和害虫在土内越冬。因此，冬耕晒垡可以直接破坏害虫的越冬巢穴或改变栖息环境，减少越冬病虫源。例如对土传病害发生严重的人参、西洋参等，播前除必须休闲地外，还要耕翻晒土几次，以改善土壤物理性状，减少土中病原菌数量，达到防病的目的。
(3)除草、修剪和清洁田园 田间杂草和中草药收获后的残枝落叶常是病虫隐蔽及越冬场所和来年的重要病虫来源。因此，除草、修剪病虫枝叶和收获后清洁田园将病虫残枝和枯枝落叶进行烧毁或深埋处理，可大大减少病虫越冬基数，是防治病虫害的重要农业技术措施。
(4)其他农业措施 调节中草药播种期，使其病虫的某个发育阶段错过病虫大量侵染为害的危险期，可避开病虫为害达到防治目的。其他还有合理施肥，选育抗病虫品种等都是重要的农业防治技术。
2．生物防治
(1)生物防治的含义 广义地讲，生物防治的含义是应用某些有益生物(天敌)或其产品或生物源活性物质消灭或抑制病虫害的方法。在防治害虫中的不孕昆虫的利用，昆虫信息素等的应用及防治病害中的类似免疫作用，即交叉保护作用的应用等，都属于生物防治的范畴。
(2)主要生物防治的方法
①以虫治虫 利用天敌昆虫防治害虫包括利用捕食性和寄生性两类天敌昆虫。捕食性昆虫主要有螳螂、蚜狮(草蛉幼虫)、步行虫、食虫椿象(猎蝽等)、食蚜虻、食蚜蝇等。寄生性昆虫主要有各种卵寄生蜂、幼虫和蛹的寄生蜂。例如寄生在马兜铃凤蝶蛹中的凤蝶金小蜂、寄生在板蓝菜青虫幼虫中的茧蜂、寄生在金银花咖啡虎天牛中的肿腿蜂、寄生木通枯叶蛾卵的赤眼蜂等。这些天敌昆虫在自然界里存在于一些害虫群体中，对抑制这些害虫虫口密度起到不可忽视的作用。大量繁殖天敌昆虫释放到田间可以有效地抑制害虫。但更重要的是注意保护田间的益虫，使其自身在田间繁衍生息。代代相传，达到控制害虫的目的。
②以微生物治虫 以微生物治虫主要包括利用细菌、真菌、病毒等昆虫病原微生物防治害虫。病原细菌主要是苏芸金杆菌类，它可使昆虫得败血病死亡。罹病昆虫表现食欲不振、停食、下痢、呕吐，1-3天后死亡。虫尸软腐，有臭味。现在已有苏芸金杆菌(Bt)各种制剂，有较广的杀虫谱。病原真菌主要有白僵菌、绿僵菌、虫霉菌等。目前应用较多的是白僵菌。罹病昆虫表现运动呆滞，食欲减退，皮色无光，有些身体有褐斑，吐黄水，3-15天后虫体死亡僵硬。昆虫的病原病毒有核多角体病毒和细胞质多角体病毒。罹病昆虫食欲不振，横向肿大，皮肤易破并流出白色或其他颜色液体。感病1周后死亡。虫尸常倒挂在枝头。一般一种病毒只能寄生一种昆虫，专化性较强。
③抗生素和交叉保护作用在防治病害上的应用 颉颃微生物的代谢产物称抗菌素。用抗菌素或抗生菌防治植物病害已获得显著成绩。如哈茨木霉防治甜菊白绢病，用5406菌肥防治荆芥茎枯病有良好效果。
用非病原微生物有机体或不亲和的病原小种首先接种植物，可导致这些植物对以后接种的亲和性病原物的不感染性，即类似诱发的抵抗性，这称为交叉保护。应用此法防治枸杞黑果病获初步成功。
3．物理防治 用温度、光、电磁波、超声波、核辐射等物理方法防治病虫害为物理防治。温度和光应用较多。用温汤浸种可防治薏苡黑粉病和地黄脆囊线虫病。用此法要注意使用合适的温度范围和处理时间。具体对象要做具体的试验来确定，以保证安全有效。昆虫对不同波长的光或颜色有趋性，因此可利用此习性进行灯光诱杀某些鳞翅目成虫和金龟子，用黄板诱蚜等。
4．化学防治 化学防治是应用化学农药防治病虫害的方法。
化学防治目前还是防治农作物病虫害的重要手段，其他防治方法还不能完全代替它。但化学农药的弊端如造成的农药残留、环境污染和病虫害抗性等已逐步引起人们的重视。
根据病虫害防治的原理和理论基础，化学防治必须符合有害生物综合治理的要求，即要从生态学观点出发考虑化学防治。首先要求在施药最适时期，以最低有效浓度用药。选择主治和兼治的对象，以取得事半功倍的防治效果。还要注意选择高效、低毒、低残留农药，以减少农药残留和对产品和环境的污染。
